1. סביבת הלימוד במסלולי המחוננים היא סביבה תחרותית מאוד וביקורתית מאוד.

2. מקרה שבו אחד האחים במשפחה לומד במסלול המיוחד, עשוי ליצור ביתר האחים תחושת תסכול: "הוא מצטיין ואני לא...״ חשוב לתת מקום מיוחד ותחושת הצלחה גם ליתר האחים, בכדי לא לפגוע בדינמיקה המשפחתית.

3. תיוג הילד כמחונן בכיתה רגילה עלול לגרום לחוסר פירגון מכיוון חבריו (״ילד כאפות״, ״חנון״, ״חושב שיודע יותר מכולם״) או לחוסר פירגון מכיוון המורות (״אתה חושב שאתה יודע יותר ממני...אני מורה כבר שלושים שנה...״).

4. תיוג הילד כמחונן לעתים גורם לחוסר מוטיבציה: ״אני ילד מחונן, אני לא צריך להתאמץ וללמוד. אני יודע הכול״.

5. בחלק מהמקרים הניסיון לאתר מחוננים בכיתה ב׳ הוא מוקדם מידי ומוטה ע"י קורסי הכנה מיוחדים ותרגול בבית.

6. תסכול, מתח מיותר והאכזבה שעלולה להיגרם כתוצאה מכישלון במבחן לאיתור מחוננים: בכיתה ב' הילדים עדיין קטנים ורובם לא בוגרים דיים בכדי להתמודד עם מבחן ארוך ומאתגר הדורש קשב רב.

7. כיתת המחוננים לא מאפשרת התנסות חברתית בחברת בני הגיל הרגילה.

8. רוב התכנים הנלמדים במסלולים המיוחדים זמינים לכלל הילדים, במסגרות חוגים בשעות אחר הצהריים. אפשר לטפח את הילדים, ללא צורך להפרידם מהחברה הרגילה.